La temporada 2006 llega Miguel «Nano» Prince como entrenador, en el Apertura el equipo es sexto y clasifica a semifinales en el grupo de Cúcuta Deportivo, equipacion españa 2022 Deportvo Pasto y Atlético Nacional pero al cerrar las fechas terminaría último del grupo. Esa misma temporada comienzan sus problemas con el entrenador, Hennes Weisweiler, a raíz de una sustitución en el partido de Liga contra el Sevilla FC y que perdieron por 2-0. El entrenador sustituyó a Johan por el joven Mir y justificó el cambio aduciendo que Johan no jugaba bien fuera del Camp Nou.
