Con la llegada de la Guerra Civil a España, se creó un equipo del Ejército de Aviación con futbolistas y soldados con aptitudes para el fútbol. Tras el conflicto bélico, se unió al Athletic Club madrileño y el equipo pasó a ser Club Atlético-Aviación, por lo que trajo consigo cambios en el escudo. Sin embargo, la asociación dio por concluida en 1947, por lo que se regresó al escudo anterior a la Guerra Civil.